あらかじめ3Dモデルにレイヤーが設定されていれば、レイヤーごとの表示・非表示が可能です。
レイヤーツールウィンドウのファイル名をタップすることで、レイヤーが展開されます。
下記の動画をご参照ください。

【TerraceAR チュートリアル「BIM/CIMモード」(基礎編)】※4:38付近

【例】福井コンピュータ製TREND-COREからFBXファイルを出力する際の設定
・座標系(CAD座標/実座標)：実座標　※1
・単位：m
・レイヤ情報(要素種別/3Dレイヤ)：3Dレイヤ　※2

※1
「実座標」を選択すると、元のモデルが描画されている座標系を採用するため、公共座標で3Dモデルを描画している場合、こちらの設定が扱いやすい「CAD座標」を選択すると、モデル付近に原点があるローカル座標に置き換わる
※2
「3Dレイヤ」を選択すると、3Dレイヤ上で設定されているレイヤがTerraceARにも引き継がれ、TerraceARで表示・非表示・透過度などをレイヤごとに設定できる